• FACILITY DI BIOCRISTALLOGRAFIA

    PRESSO
    ISTITUTO DI BIOLOGIA E PATOLOGIA MOLECOLARI DEL CNR
    E
    DIPARTIMENTO DI SCIENZE BIOCHIMICHE DE “LA SAPIENZA”.

    Scarica Biocrystal Facility in pdf

SERVIZI

La biologia strutturale è un ambito di ricerca multidisciplinare, al confine tra biofisica, biochimica, biologia molecolare e bioinformatica con fondamentali applicazioni in ambito biomedico e biotecnologico.

La tecnologia fondamentale nel campo della biologia strutturale è la cristallografia di macromolecole. I rilevanti progressi in alcuni campi della ricerca, come lo sviluppo delle sorgenti di luce di sincrotrone, dell’espressione di proteine ricombinanti e dell’automazione per la crescita di cristalli di proteine, hanno reso accessibile questa tecnica anche a gruppi di lavoro in ambiti scientifici diversi.

Tuttavia l’accesso a queste tecnologie ed alle grandi facilities internazionali a disposizione della comunità scientifica italiana è attualmente inferiore alle disponibilità, soprattutto nella prospettiva di programmi europei strategici quali Horizon 2020.

Strutture di raccordo tra le grandi strutture di biologia strutturale e l’utenza scientifica potenziale italiana sono di fondamentale importanza, per incrementare l’utilizzo da parte di ricercatori nel campo delle scienze della vita a tali facilities, collaborando con gli utenti nei passaggi del processo di determinazione della struttura (scelta del costrutto, produzione della proteina, cristallizzazione, raccolta ed analisi dati).

Inoltre per ampliare la comunità di utenti delle grandi facilities di biologia strutturale è vitale una attività di training e di disseminazione.

Nel quadro del Progetto FareBio di Qualità è stata attivata una facility di biocristallografia che offre alla rete scientifica del CNR l’accesso facilitato a costi molto bassi alla generazione ed interpretazione di biocristalli.

Nell’ambito della linea “Horizon 2020” che si propone di stimolare l’accesso alle infrastrutture Europee di ricerca avanzata, è attiva una stretta collaborazione con ESRF, effettuando training congiunto a livello dottorale e post-dottorale presso le strutture ESRF, Partnership for Structural Biology, Instruct BioStruct-X. L’obiettivo è quello di aumentare la comunità di utenti italiani di facilities europee e quindi l’impatto del CNR stesso nel campo della biologia strutturale.

La Facility funziona presso l’Istituto di Biologia e Patologia Molecolari del CNR, in collaborazione con il Dipartimento di Scienze Biochimiche della “Sapienza” Università di Roma. L’attività della Facility è rivolta alla rete scientifica del CNR ed in particolare ai gruppi che afferiscono ai progetti FaReBio di Qualità.

PERSONE

Un Comitato Scientifico verifica la congruità delle proposte presentate dagli utenti. Esso è composto da un biologo strutturale, da un biologo molecolare e dal Responsabile del Servizio.

Personale
Le attività sono condotte dalle seguenti unità di personale strutturato, coordinato dal Dottor Andrea Ilari.

Dott.
ANDREA ILARI

CNR – IBPM

Prof.ssa
BEATRICE VALLONE

Sapienza UniRoma

Prof.
ALBERTO BOFFI

Sapienza UniRoma e CNR-IBPM

Dott.ssa
CARMELINDA SAVINO

CNR – IBPM

Dott.ssa
ADELE DI MATTEO

CNR – IBPM

Dott.
GIANNI COLOTTI

CNR – IBPM

Dott.ssa
VERONICA MOREA

CNR – IBPM

Dott.ssa
GIOVANNA BOUMIS

Sapienza UniRoma

RISORSE

Strumentazione
Piattaforma robotizzata Phoenix (Art Robbins) per effettuare prove di cristallizzazione con nanovolumi di proteina (Università Sapienza). Il robot di cristallizzazione è collocato in un ambiente a temperatura ed umidità controllata, dedicato esclusivamente alla cristallizzazione (20°C e 55%, rispettivamente).

Stereoscopio Leica Z12 a luce fredda dotato di telecamera digitale e piattaforma scorrevole, per il controllo non automatizzato delle prove di cristallizzazione.

Armadi termostatati a 21°C, 4°C e 37°C , con motori a prova di vibrazioni (Angelantoni)

Apparato computerizzato per saggiare l’effetto della temperatura sulle condizioni di cristallizzazione, TG40 (Centeo), capace di saggiare contemporaneamente 5 temperature differenti tra 2° e 60°C in miniscreen da 40 pozzetti.

Capacità
Le attuali unità di personale possono garantire di accogliere un numero limitato di richieste esterne, da decidersi in base alla tipologia delle richieste e visto il parere del Consiglio Scientifico.

Disseminazione dell’ informazione
L’attività di disseminazione delle conoscenze relative alla biocristallografia e dell’attivazione del Servizio relativo, è effettuata sia in sedi istituzionali del CNR (Convegni, Sito web, invio di documentazione agli utenti potenzialmente interessati) sia organizzando corsi mirati all’evidenziazione delle potenzialità della biocristallografia nell’ambito degli specifici progetti di ricerca.

ARTICOLAZIONE DEI SERVIZI

L’articolazione del Servizio proposto si basa su un’attività di consulenza pratica e teorica nelle fasi critiche fondamentali di progetti di biologia strutturale, e di disseminazione e training.
  1. Inquadramento del progetto biomedico o biotecnologico nell’ambito della biologia strutturale: definizione delle finalità e delle questioni puntuali.
  2. Consulenza nella produzione e purificazione di proteine.
  3. Prove di cristallizzazione robotizzate, loro analisi ed ottimizzazione in una prima fase presso il servizio, successivamente presso centri Instruct attualmente non ancora aperti all’utenza esterna.
  4. Raccolte dati di diffrazione di raggi-X presso sorgenti di luce di sincrotrone (ESRF).
  5. Determinazione della struttura tridimensionale e sua analisi (in collaborazione scientifica).
  6. Assistenza e formazione di personale, in collaborazione con ESRF e con i gruppi di biologia molecolare, per la determinazione ed analisi della struttura tridimensionale di proteine e loro complessi funzionali.

Modalità di accesso

L’accesso è semplice e informale, diviso in due fasi. La prima prevede un contatto diretto a scopo orientativo con uno dei membri senior del Servizio (via email, telefono, o skype). Nella seconda il modulo compilato dall'utente con una sintetica descrizione del progetto è valutato del Comitato Scientifico. I progetti accettati seguono l’iter descritto nella pagina ARTICOLAZIONE DEL SERVIZIO" Ad ogni utente verrà assegnato un responsabile scientifico che si occuperà di redigere lo studio di fattibilità e di coordinare le operazioni di cristallizzazione e di raccolta dati. La Facility interagirà con gli utenti mediante una pagina personale sul sito web, in cui saranno disponibili materiali relativi al singolo progetto, quali risultati dell'analisi bioinformatica, immagini di prove di cristallizzazione, dati di diffrazione e risultati di eventuali analisi di stabilità e monodispersione dei campioni proteici. Si privilegerà la modalità di videoconferenza per periodici aggiornamenti sull’andamento di ciascun processo di cristallizzazione.

Utenza ed Interazioni

Sono favorite le interazioni con altri Progetti del CNR, inclusi PON e POR. Previo assenso del Comitato Scientifico, è previsto l’accesso di gruppi provenienti dall’Università “La Sapienza”. Sono considerati anche progetti di altri Atenei e soggetti “no profit”, con la partecipazione alle spese di gestione. L’accesso a pagamento per altri tipi di utenza necessita di accordi specifici, anche relativamente all’accesso a facilities di sincrotrone (ESRF).

Valutazione Periodica

Il funzionamento e le caratteristiche di uso del Servizio sono esaminati annualmente dal Comitato Scientifico che stila un report da sottomettere agli organi competenti del CNR per valutare la necessità di continuare ed eventualmente di potenziare la Facility.

CONTATTI


How to reach us

The Department is located in the main campus of the University.
The main entrance of the University is in P.le Aldo Moro, 5 however the secondary entrance on Viale Regina Elena, 332 is closer to the Department.

By Train
The Department is about 1.5 Km from the main railway station (Termini). From there, you can either take a taxi (please use only official white taxis) or take the metro line B direction Rebibbia, exit at Policlinico Station (2nd stop) and walk for 500m to the Department. If you like, you can also walk here.

Fiumicino Airport
Take the fast train Leonardo Express to Termini. It leaves every 30 mins (at :07 and :37) starting from 6:37 until 23:37. The ticket costs 14.00 Euro one way.

Ciampino Airport
There are two bus services to Termini: Terravision and SITBus. Tickets cost 8 Eur one way and Eur 12.50 return (there are cheaper options if you buy them on the web). The bus leaves in connection with incoming flights and the ticket boot is in front of the Arrival gate. Depending on traffic, it might take between 30 and 50 mins.
You can also take a taxi. During the day the cost should be around 35-45 Euro, depending on traffic. Please only use official white taxis.